Direktorat Jenderal Cipta Karya Kementerian Pekerjaan Umum dan Pera selaku Executing Agency (EA) bertanggung jawab terhadap penyelenggaraan program secara menyeluruh.

Sementara Implementing Agency (IA) adalah Direktorat Jenderal Bina Pembangunan Daerah (Bangda), Kementerian Dalam Negeri, Direktorat Jenderal Pemmberdayaan Masyarakat dan Desa (PMD), Kementerian Dalam Negeri, Direktorat Jenderal PP dan PL Kementerian Kesehatan dan Direktorat Jenderal Cipta Karya Kementerian Pekerjaan Umum. IA bertanggung jawab terhadap penyelenggaraan komponen program yang menjadi tanggung jawabnya.