1. Tahap pemasukan penawaran; klarifikasi dapat dilakukan oleh Calon Penyedia Barang/Jasa apabila ada keraguan/ketidakjelasan dalam dokumen pengadaan (Surat Permintaan Penawaran beserta lampirannya) yang diterima. Klarifikasi dilakukan beberapa waktu yang cukup sebelum memasukkan penawaran (untuk kemudian dibuatkan amandemen dokumen pengadaan).
    Perubahan dokumen pengadaan juga bisa terjadi saat rapat Penjelasan Pekerjaan (Aanwijzing).
    Perubahan dokumen pengadaan (Amandemen dokumen pengadaan) dapat dilakukan dan disampaikan secara tertulis, dengan cara surat permintaan penawaran tersebut dikirimkan kembali kepada seluruh Calon Penyedia Barang/Jasa yang diundang, dalam waktu yang cukup sebelum batas akhir pemasukkan surat penawaran.
  2. Tahap evaluasi penawaran; klarifikasi wajib dilakukan bila ada ketidak jelasan/ketidak lengkapan dokumen atau meragukan dalam rangka evaluasi penawaran, tidak boleh tatap muka dan hasil klarifikasi tidak boleh mengubah harga maupun substansi penawaran. Klarifikasi dilakukan secara adil (tidak diskriminatif) untuk seluruh peserta pengadaan (calon penyedia barang/jasa).
  3. Tahapan penetapan pemenang dan tandatangan kontrak; klarifikasi dapat dilakukan untuk memastikan terhadap (1) Nilai Penawaran Terkoreksi, (2) Spesifikasi teknis yang ditawarkan, (3) Jadwal Pengiriman Barang atau Jadwal Pelaksanaan/mobilisasi (untuk penyedia Jasa). Proses klarifikasi ini dilakukan sebelum dilakukan penetapan pemenang dan tanda tangan kontrak (SPK). Dibuatkan Berita Acara Klarifikasi yang merupakan bagian yang tidak terpisahkan dari Berita Acara Evaluasi dan Penetapan Pemenang.
    Klarifikasi ini dilakukan untuk mencegah calon penyedia barang/jasa tidak mundur ditengah jalan